1、燃燒效率差： 臥式內燃燃氣鍋爐為微正壓室燃，燃燒效率高，配用先進燃燒器，燃燒效率可達99.5%;而燃煤鍋爐改燃氣鍋爐后只能是負壓燃燒，燃燒效率在85%左右。

2、散熱損失大： 燃煤鍋爐設計熱效率為78%，燃氣鍋爐設計熱效率為90%，燃煤鍋爐體積比臥式內燃燃氣鍋爐體積大得多，而且保溫材料也差，外表溫度高，散熱損失大。燃煤鍋爐改造后，實際熱效率為70%，則運行成本比燃氣鍋爐高20%左右。

3、控制不方便 燃燒器都是用全自動燃燒器，但燃煤鍋爐煙氣阻力大，要加配到引風機才能正常運行，控制不方便。

4、分汽慢： 燃煤鍋爐水容量大，分汽相對較慢，壓力上升速度也慢。