食用菌加工企業大部分屬于食品加工行業范疇，有的也屬于保健品和藥品加工行業范圍。目前為止，還沒有專門的分類標準，從現有產品應用的目的不用，大體劃分為食用性加工、藥用性加工和儲藏性加工3類。鹽漬加工既是儲藏性加工，又是食用性加工;保健食品加工，有食用和藥用雙重性。根據國內食用菌加工現狀，分為以下5大類：

　　一、保鮮儲藏

　　保鮮儲藏也是一種加工方式，儲藏的目的是保持鮮品生命，延長商品貨架期。近年來市場出現了產品原生態和田園風味的消費新潮，它更使保鮮儲藏加工成為一門大有前途的加工業。保鮮儲藏分為低溫冷藏保鮮、氣調保鮮、真空保鮮、輻射保鮮、物理化學保鮮等不同方法。

　　二、脫水干制

　　脫水干制是食用菌干燥的主要加工方法。在大量產出鮮品的季節，市場容納不下時，通過干制，解決鮮品產后問題。干制品易于儲藏，達到季產年銷、常年應市的目的。傳統干制方法多為曬干，而現在主要采取機械脫水烘干和凍干兩種，適用于香菇、銀耳、猴頭菇、黑木耳、草菇、金針菇、竹蓀、大球蓋菇等幾十種產品。

　　三、調料漬制

　　漬制加工時我國加工蔬菜的一種傳統方式，也適用于食用菌加工，它包括鹽漬、糖漬、醬漬、糟漬、醋漬加工。以鹽、糖、醬、酒糟、食醋等為腌料，利用其漬水的高滲透壓來抑制微生物活動，避免食用菌在儲藏期因為微生物活動而腐敗。其中，鹽漬加工是食用菌加工中廣泛采用的方法，雙孢菇、草菇、金針菇、大球蓋菇、猴頭菇、杏鮑菇、白靈菇，以及平菇、鳳尾菇、鮑魚菇等均適用。

　　四、罐頭生產

　　食用菌罐頭制品是我國具有傳統特色的出口商品之一。菇品罐頭加工，要有一套機械設備，生產工藝形成流水作業，產品比較規范。食用菌罐頭加工，絕大部分為清水罐頭，近年來研發了即食罐頭，諸如銀耳蓮棗罐頭、香菇肉醬罐頭、白靈菇美味即食罐頭等。

　　五、精致釀造

　　食用菌釀制加工屬于深加工范圍，它包括菇酒類、飲料、醬油、菌油、菇類味精、菇味火鍋料、菇類蜜餞、膨化食品、菇類肉松、菇類面條、糕點;日用品類有菇類護膚霜、美容膏、美容膏;醫療保健品類有從菇類中分離提純的有效藥物成分，制成注射針劑、保健膠囊、片劑、粉劑、口服液等。

食用菌加工所需的蒸汽或熱水制取由燃氣蒸汽發生器、燃氣熱水模塊鍋爐完成。