雙膜氣柜目前在沼氣工程中的應用很多，雖然說雙膜氣柜相對鋼制氣柜來說維護更為簡單，但是也不是完全不需要維護，一些日常的維護依然是需要的，但是建議這些日常維護工作要讓經過培訓的操作人員進行，避免因為操作不當造成的損壞。雙膜氣柜系統內的風機、管道、壓膜導軌等都是維護工作中的重點。

雙膜氣柜建好投產后一年內，應對膜體結構進行至少1次的檢查和維護，發現膜面異常要才去預張力補強或者其他措施，連接件如果有松動的話，要予以加固。

在雨水較多的季節和冬季之前，應清理膜材表面，確保排水系統暢通，降雪較大的地區應準備必要的融雪和除雪措施。在大風、冰雹、大雪等惡劣天氣后，應及時檢查膜材結構和密封措施，必要時采取相應的補救措施。

雙膜氣柜通常采用PVDF膜材制作，膜材本身有一定的自潔能力，用清水即可進行清潔，清潔時要避免使用化學或有機溶劑，不要使用高壓水流，以免破壞膜材表面的PVDF涂層，影響使用壽命。

通常來說，建議業主在現場安裝兩臺風機交替使用，或者儲備一臺備用風機，并且定期檢查清理風機入口出的過濾網。

泄壓裝置是雙膜氣柜安全運行的重要保障之一，必須定期檢查泄壓裝置能否正常運行。同時檢查雙膜氣柜出氣口處的調壓閥是否運轉正常，可以手動進行開合，以確保運轉正常，在調壓閥軸心處應定期涂抹潤滑油防止生銹。