當產品進入殺菌鍋，殺菌鍋門被關閉和鎖緊的時候，熱水罐內的殺菌水通過自動閥門開啟進入殺菌鍋，開始整個殺菌過程。這種預先編程的過程

當產品進入殺菌鍋，殺菌鍋門被關閉和鎖緊的時候，熱水罐內的殺菌水通過自動閥門開啟進入殺菌鍋，開始整個殺菌過程。這種預先編程的過程循環由如下階段組成：

1、升溫階段

(1) 開啟水循環閥門：殺菌軟化水通過熱水罐進入殺菌鍋，使得產品完全被浸泡。

(2) 同時開啟循環泵，使得殺菌水往復循環。

(3) 同時打開蒸汽閥門，通過鍋內蒸汽擴散管對殺菌軟化水加熱，達到預定的121℃

(4) 蒸汽的進入升溫使電腦通過溫度傳感器的信號傳遞出現溫度的分布曲線。

(5) 殺菌鍋內壓力的控制使電腦中出現壓力的分布曲線。

(6) 蒸氣冷凝水被排放（通過排水閥與液位計）以保持正常的水位。

2、殺菌階段（保溫階段）：溫度和壓力是通過自動閥門控制。通過控制蒸氣流量來保證溫度為121℃，通過控制壓縮空氣流量來保持恒壓。99.99%的純凈蒸氣注入與殺菌軟化水的往復循環結合可以達到完美的溫度分布。水位通過水位探頭進行不斷的監測，蒸汽冷凝水會通過排水閥的排放保持正常工作水位。溫度通過自動的蒸氣調節閥被控制在±0.5℃的范圍之內。壓力通過壓縮空氣進氣閥與排氣閥被控制在±0.02Mpa的范圍之內。

3、降溫階段（通過降溫軟化水直接冷卻）:降溫根據產品外包裝的材質不同，可以進行分階段降溫。分階段降溫是為了避免溫度突然下降（比如25℃的降溫軟化水進入殺菌鍋給121℃的產品降溫）或受到熱沖擊，避免容器的損壞（如：玻璃瓶、塑料容器)。而軟包裝和金屬容器可以實現直接注入降溫軟化水降溫。冷水閥開啟，給水泵啟動可以按照預先設定好的溫度曲線來快速的冷卻產品。同時壓縮空氣會按照預定的壓力曲線來自動的控制。

4、殺菌結束:在降溫完成后，釋放殺菌鍋內的壓力，結束信號發出，操作員可以開門出貨。